20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵。假面骑士BLACK南光太郎（倉田てつを 饰）决不允许如此恶行发生，他孤身一人和修卡展开对抗，而进之介则与之展开连番对抗。战斗之中，光太郎的义举和修卡的丑恶行径让进之介的良心大受触动。 　　而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎（及川光博 饰）突然出现，他正是左右着历史进程的关键人物……

战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！

牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズとして平和を守っていたのだった!　　戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズをプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流の名前をかけて“ニンニンガールズと真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズとして受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。　　時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか!

故事以主人公和辻摩子（土屋太凤）在和辻家别邸举办的派对上，刺死了她的外祖父，制药公司社长和辻与兵卫（大和田伸也）开始。摩子的母亲淑枝（中山美穗）说摩子是正当防卫，并且聚集家族成员，拜托他们伪造事实。随后与兵卫的弟弟和与兵卫的主治医师间崎牵头把案件伪装成了强盗杀人。被邀请 参加派对的摩子的学姐春生也参与了协助伪装。

一名男子挟持了一辆公交车，准备到北町署上任的新任所长远山金志郎（玉木宏 饰）刚刚好就在车上。远山利用他的三寸不烂之舌，不仅说服了暴徒放弃劫持，还令暴徒鬼使神差的将公交车开到了他要去的目的地——警察局。 　　表面上看来，远山一点都不像有编制的那种公务员，平日里的他总是一副半吊子的姿态，这让一直以来对公务员有着误解和偏见的同僚南洋三（高岛政宏 饰）对其大为的不满。犯下了连续杀人事件的谷口逃跑了，在逃走的时候还带走了1亿日元的现金，南洋三一直在追查这起案件，而远山一上任就认为他们应该将精力放在治理近日里频发的公共场所乱涂乱画的事件中，因为他认为，捉到谷口的重要线索就藏在这些涂鸦之中。

20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵。假面骑士BLACK南光太郎（倉田てつを 饰）决不允许如此恶行发生，他孤身一人和修卡展开对抗，而进之介则与之展开连番对抗。战斗之中，光太郎的义举和修卡的丑恶行径让进之介的良心大受触动。而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎（及川光博 饰）突然出现，他正是左右着历史进程的关键人物…